激光共聚焦扫描显微镜既可以用于观察细胞形态，也可以用于细胞内生化成分的定量分析、光密度统计以及细胞形态的测量, 配合焦点稳定系统可以实现长时间活细胞动态观察。具体可用于以下几个方面:
⒈细胞生物学：细胞结构、细胞骨架、细胞膜结构、流动性、受体、细胞器结构和分布变化
⒉生物化学：酶、核酸、FISH（荧光原位杂交）、受体分析
⒊药理学：药物对细胞的作用及其动力学
⒋生理学：膜受体、离子通道、细胞内离子含量、分布、动态
⒌神经生物学：神经细胞结构、神经递质的成分、运输和传递、递质受体、离子内外流、神经组织结构、细胞分布
⒍微生物学和寄生虫学：细菌、寄生虫形态结构
⒎病理学及临床应用：活检标本诊断、肿瘤诊断、自身免疫性疾病诊断等.
⒏遗传学和组胚学：细胞生长、分化、成熟变化、细胞的三维结构、染色体分析、基因表达、基因诊断.
